3D Slicer中文教程(六)—调用matlab函数(MatlabBridge使用方法)

1.安装MatlabBridge插件

(1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager

(2)找到MatlabBridge,安装

2.配置MATLAB环境

(1)在模块处找到Developer Tools——Matlab——Matlab Modules Generator

(2)在Matlab executable处配置matlab.exe的路径(请确保计算机上安装有matlab,并且可以找到matlab.exe文件的位置);Matlab script directory的路径为存储.m文件的位置。

3.利用MATLAB函数(function)分割图像

(1)创建matlab module,在Module name处命名文件

(2)点击Generate module

(3)Matlab module包含三个文件:

•Matlabscript (*.m):Slicer调用的Matlab函数,该文件必须由用户定制,以执行所有必要的数据输入,处理和输出。

•Module descriptor(*.xml):模块描述符,该XML文件定义将在3D切片机中为模块显示的图形用户界面,该文件必须针对特定的Matlab函数进行自定义。

•Module proxy(* .bat):模块代理,该文件生成一次,不需要更改。

.m文件

.xml文件

(4)退出3D Slicer,重新打开

(5)打开样本数据,这里打开下载的MRHead数据

(6)在Module工具栏找到新建的matlab module,点击文件

(7)设置Input Volume为MRHead, Output Volume为Create new Volume

(8)点击apply按钮查看结果,如下图所示的结果

  总结:3D Slicer调用matlab函数的方法使得图像处理可以更容易编程处理,方便像素级的处理。但是,也存在一定的难度。首先,安装MatlabBridge并且学会使用;其次,是需要明白其中参数的意义,才能更好的编写matlab函数处理图像;最后,需要明白在3D Slicer自带的功能下处理图像和matlab编程处理图像之间如何选择更简单有效的方式,也是十分重要的事情。

时间: 2024-08-29 05:52:25

3D Slicer中文教程(六)—调用matlab函数(MatlabBridge使用方法)的相关文章

3D Slicer中文教程(四)—图像分割

1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描绘感兴趣的结构.一些工具模仿像Photoshop或者gimp这样的绘画界面,但是可以在三维数组体素上而不是二维像素上工作.改进module_editor模块后的新模块.编辑器包含许多相同的功能和更多新功能,包括:交替细分,2D和3D视图中的显示,每段可视化选项,3D视图编辑,通过在几个切片上插值或外

Swift中文教程(六)--枚举和结构

原文:Swift中文教程(六)--枚举和结构 Enumerations 枚举 使用 enum 来创建一个枚举.跟Classes(类)和其他类型的命名方式一样,枚举也可以有Method(方法). 1 enum Rank: Int { 2 case Ace = 1 3 case Two, Three, Four, Five, Six, Seven, Eight, Nine, Ten 4 case Jack, Queen, King 5 func simpleDescription() -> Stri

C++调用matlab函数

C++与matlab混合编程--C++调用MATLAB函数 笔者最近在从事一个MFC相关的项目,要求将用Matlab实现的算法通过应用MFC制作成一个小应用.其中有一部分内容需要求一个多元函数的最值.通过网络,我找到了两个C++优化库,dlib与MIDACO_Project ,可是这两个库中的优化函数的应用方式无法融入MFC编程框架,因此想到应用matlab与C++混合编程来实现相关计算.在网络上查了很多资料使问题得到了解决,下面对之前所查资料的内容做一番总结. 一.编译matlab函数 在ma

java调用matlab函数接口的两种方案

Java 调用matlab 函数接口 Java调用matlab函数接口有两种方式: l 一种是通过matlab把函数打成jar包: l 一种是把matlab编译成dll后,用C++再封装成java能支持的数据类型的dll. 注意:不论用这两种方式中的哪一种,最终部署时都需要matlab环境(MCR,在matlab安装路径下有). 1. 方式一:matlab直接打jar包 1.1. 利用matlab自带工具打jar包 1.1.1. 建立jar包 在matlab的Commond Window中输入d

C++调用Matlab函数求特征值

最近需要用到C++和Matlab的混编,记录一下学习过程~ 要实现的是调用Matlab函数,求矩阵前k个最小的特征值及其特征向量. //C++ #include "engine.h" //使用Matlab引擎需要包含的头文件#include <iostream>using namespace std;int main(){ Engine *m_engine; //创建Matlab引擎 m_engine = NULL; //初始化引擎 if((!m_engine &&

用户选择,调用相应函数的编写方法

用户选择,调用相应函数的编写方法: 1.先输出Menu菜单,让用户选择. 2.创建一个Menu字典k=序号,v=操作函数 3.调用用户选择的相应序号的函数:menu[option](参数) def account_info(acc_data): print(user_data) def repay(acc_data): pass def withdraw(acc_data): pass def transfer(acc_data): pass def pay_check(acc_data): p

java调用matlab函数

如何将实验结果在matlab中可视化呢,下面使用java语言编程,调用matlab中的函数: 本人安装的是Matlab7.11.0 (R2010a)和 Eclipse 4.2 : 1)首先设置环境变量,运行tomcat,Eclipse等都需要依靠环境变量JAVA_HOME,Path,classpath,具体的设置可以参考这里 为了使在matlab中将.m函数编译为jar包,还需要在classpath中添加: %matlabInstallRoot%\R2010a\toolbox\javabuild

WPF调用Matlab函数方法

有的时候用C#写图像处理方法,比较费事,不如Matlab简单,但是Matlab又做不出WPF那样的好看界面,怎么办呢. 今天正好我要实现这个功能,就顺便写个小例子,给需要的人做个借鉴. 想要用WPF调用Matlab代码,就用到了Matlab生成.DLL文件的功能. 注:我的VS版本是2013,Matlab版本是2012a,两个软件不算新也不算老,应该是现在普遍用的版本 首先,生成Matlab的.DLL文件 在matlab的左下角选择start-matlab-NE-deploytool,或者直接在

JavaScript函数之实际参数对象(arguments) / callee属性 / caller属性 / 递归调用 / 获取函数名称的方法

函数的作用域:调用对象 JavaScript中函数的主体是在局部作用域中执行的,该作用域不同于全局作用域.这个新的作用域是通过将调用对象添加到作用域链的头部而创建的(没怎么理解这句话,有理解的亲可以留言告诉我, 谢谢).因为调用对象是作用域链的一部分,所以在函数体内可以把这个对象属性作为变量来访问. 调用对象的属性包括:用var声明的局部变量,函数形参,还有一种特殊的属性arguments 函数的实际参数:实际参数对象 arguments对象,用来引用实际参数对象.函数的arguments对象并