1 、企业对ERP的认识不全面
领导的支持与重视不够中小企业ERP市场的软件行业门槛比较低，ERP软件开发商的技术良莠不齐，如一些功能单一的财务软件、进销存软件、MIS系统都被称为ERP，因而大部分中小企业所实施的ERP技术都停留在基础应用的层面，未充分开发ERP系统的高级管理应用。加之企业最高领导认为ERP的开发与应用属于信息主管之职，没有作为项目实施的统筹协调者参与其中，致使企业一些部门出于自身考虑会对ERP的实施会产生抵触。另外企业会对软件商提出一些个性化要求，而这些要求有时与ERP系统的原理和逻辑相矛盾，种种因素影响企业ERP进程。
2、 ERP软件对企业的管理及组织架构要求较严格
使应用中理想与现实产生差距软件商在ERP系统演示时由于不考虑每个企业的管理差异，按照其软件产品理想的设计运作，因而应用流程很流畅。而中小企业大部分是典型的生产经营型企业，一般都有独特的管理模式和不同的业务流程，企业的管理行为规范性欠缺，整个商务环境、商务规则欠明晰，日常活动中个性化成分比较高。而ERP产品大部分都是商品化软件，不针对特定行业，且ERP系统在设计上规定了比较严格的处理要求，企业的日常管理通常都达不到这个要求，使ERP实际应用中出现很多难点，甚至产生风险。
3 、企业管理的基础性工作不扎实
影响ERP的成功实施基础数据库的建立对ERP的成功运行有着绝对影响，中小企业管理中普遍存在业务核算能力有限，在原始记录、定额管理以及核算等方面都存在一定的缺陷，而数据资料方面的工作往往占到ERP系统实施初期工作量的70%左右，数据资料的准确性、及时性等问题直接影响ERP系统的顺利实施。
4 、ERP系统的教育培训不彻底、不深入
正确操作和运用ERP系统功能是企业实施ERP项目的关键问题。ERP系统的使用者涉及企业各部门，包括各层次管理人员和业务人员，这些人员知识层次不同，新知识的接受能力不同，原先对ERP系统知识不了解。通常企业会交由ERP软件商或者是专业的咨询顾问公司来对企业的员工进行ERP系统的教育培训。这种教育培训计划性羞、时间短、要求不严格，并且没有的考核制度，使得培训流于形式，达不到预期效果。另外，中小企业没有健全的激励机制和完善的绩效考核制度，导致人员流动率较高，ERP项目操作人员的变动频繁，对ERP系统的实施及后期的培训都带来不良的后果。