1、到github上下载最新版本
https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases
2、先看INSTALL文件，要求以下依赖，我的机器上已经安装了前两个，所以直接跳过，这里我就不提了
GNU make
C compiler (e.g. gcc or clang)
CERN ROOT (https://root.cern.ch)
samtools with HTSlib
GNU readline library
3、先编译samtools和htslib，因为需要用的samtools中的一些 .h 的文件，因此需要下载包含源文件的samtools，下载链接：
http://www.htslib.org/download/ ，此时我下载的是 1.9 ，下载之后放到一个目录下，
解压
有文章说编译samtools之前一定要确定安装 ncurses* ，这个我也不确定是不是必须的，反正我安装了下：
参考：https://www.codetd.com/article/6237849
yum -y install ncurses*
然后开始安装samtools ， make ，如果没有Makefile 文件，则先编译 ./configure
然后 cd htslib-1.9
make ，如果没有Makefile 文件，则先 ./configure
很重要的一步，把samtools目录 软连接到CNVnator解压后的src目录中
ln -s /path/to/samtools samtools
samtools安装好之后的目录内容如下：
4、安装ROOT ，下载链接：https://root.cern.ch/content/release-61800 ，我下载的是这个：
我习惯按照如下目录结构存放软件，6.18.00是解压后的文件夹重命名的（以版本号命名，方便之后区分版本），平级目录创建一个build文件夹
/share/biosoft/root_software_toolkit/
├── 6.18.00
└── build
进入build 文件夹
cmake ../6.18.00
cmake --build . ## 这一步时间有些长，可以回家前执行上，第二天再继续后边的操作
完事之后，将 build/bin 添加到环境变量中，将 build/lib 添加到 LD_LIBRARY_PATH ，直接执行这个就可以了：
. build/bin/thisroot.sh
然后可以输入 root ，检查是不是安装正常了，如下图表示成功：
5、安装 GNU readline library
yum install readline-devel
开始安装CNVnator ，
cd CNVnator_v0.4.1/src
make 如果报错，就执行：make LIBS="-lcrypto"
出现cnvnator 这个可执行文件，说明安装成功啦！
注意：前边编译包的时候可能提示缺少 fftw-devel ，libxml2-devel ，都用 yum 安装即可
参考的其他文章：
http://seqanswers.com/forums/archive/index.php/t-16665.html
原文地址：https://www.cnblogs.com/afeiyuanda/p/11394740.html