RNAseq分析软件STAR的安装

1.本人刚开始安装的时候,先下载相关的软件包,然后安装installtion中的方法安装, 运行的时候老是报错.根据错误提示安装解决方法.也参考了其他的笔友的一些建议, 发现特别麻烦,后来无意中发现有小伙伴用bioconda来安装,一个命令,简单快捷. 2.bioconda安装HTSeq操作如下: 下载安装miniconda(即bioconda). 添加channels 等等 (具体步骤参考本人的相关bioconda的博客) 安装HTSeq的命令如下: conda   install  HTSe

1.进入phred官网,给作者写信,获得所需的软件,大约需要两三天的时间即可收到回信. 2.根据作者的指示下载,解压相应软件. 3.以笔者本人的安装为例unbuntu系统(phred自带的installtion太麻烦了) 4.新建文件夹: mkdir phred 5:将下载的压缩文件移到新建的文件夹中: mv phred-dist-071222.c-acd.tar.gz 6.解压文件 tar -zxvf phred-dist-071220.c-acd.tar.gz 7.编译一下: make 8:

1.下载相关程序: 网址:http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下载其中名为configureHomer.pl的文件. 2.新建文件夹:homer mkdir homer 3.将刚下载的pl文件移至Homer文件夹中: mv configureHomer.pl homer 4.开始安装Homer软件: Perl /home/lmt/desktop/homer/configureHomer.pl -install (根据自己的confihureHome

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种

第 1 章数据分析概述 11.1 什么是数据分析 . 21.2 数据分析六步曲 . 21.2.1 明确分析目的和内容 . 21.2.2 数据收集. 31.2.3 数据预处理. 31.2.4 数据分析. 31.2.5 数据展现. 41.2.6 报告撰写. 51.3 数据分析方法简介 . 51.3.1 统计分析方法简介 . 51.3.2 数据挖掘方法简介 . 61.3.3 统计分析与数据挖掘的区别和联系 . 91.4 常用数据分析工具的安装 . 101.4.1 在 Excel 2013 中安装数据分

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Squid是Linux系统中常用的一款开源代理服务软件官方网站http://www.squid-cache.org , 可以很好的实现http.ftp.dns查询,以及ssl等应用的缓存代理. 一.Squid服务概述 缓存代理概述 1.代理的工作机制 当客户机通过代理来请求web页面时,指定的代理服务器会先检查自己的缓存,如果缓存中已经有客户机需要访问的页面,则直接将缓存中的页面反馈给请求的客户端.如果缓存中没有,则由代理服务器向web服务器发起访问请求,当获得返回的web页面后,缓存服务器首先

2020年新年将至,先预祝.Net Core越来越好. 做了这么多年一线开发,经常跟Http打交道.比如调用三方的Webservice,比如集成微信支付的时候服务端发起Prepay支付.特别是现在分布式.微服务大行其道,服务间通讯都离不开http调用. 多年前也造过几个http client的小轮子.这次使用C#强大的扩展方法进行了重构,使代码看起来有那么一点流式编程的风格,再配合dynamic有点写JavaScript的赶脚呢.今天拿出来分享给大家,为.Net Core的生态尽一点绵薄之力.

SAS9.4的全称为Statistical Analysis System,这是一款强大实用的统计分析软件,之前小编为大家提供过类似的spss,不过两者的侧重点不同.SAS9.4包含了BASE SAS模块.STAT(统计).QC(质量控制).OR(规划).ETS(预测).IML(矩阵运算)等实用的功能模块,可以用于数据访问.数据训管理.数据库分析等操作,是您进行各类数据统计分析的好帮手,能够广泛地应用于统计学.运筹学等领域.SAS9.4模块介绍SAS系统是由众多模块组成的系统,其中Base SA