一、介绍
获取DRR图像是医疗图像配准里面的一个重要的前置步骤。
在2D/3D的配准流程里面，需要首先通过CT三维图像，能够获取任意位置的DRR图像，然后去与已经获取的X光平面图像配准。
配准过程如下（下面的描述是不准确的，我只是描述了一种情况，即基于灰度的图像配准算法的过程，并且可能会有纰漏）：
1- 定义一个评价函数：即相似性测度函数，通过这个函数评价当前是否已经达到了配准的要求。
2- 不断通过调整输入参数得到不同角度下的DRR图像。
3-通过1里面的评价函数判断是否停止搜索
实际上这是一个循环，终止条件就是是否满足相似性测度函数。
具体流程可以参考下面的流程图：
二、DRR例子运行
在ITK5.0里面有一个相关的例子，我也是跑了好久才把程序跑通的，跑通以后就觉得做了许多的无用功......
说到底还是菜，跑一个程序就要两周，醉了（好吧，吐槽完毕^-^）
1-找到例子，构建工程
按照之前第一个博客的过程安装ITK之后，我们找到这个例子所在的位置：
ITK-5.0/Examples/Filtering/DigitallyReconstructedRadiograph1.cxx
例子的代码也可以在这里找到：
把这个代码复制出来单独的构建一个工程（也是按照第一个博客里面的方法），但是这个时候的工程是无法运行的。
2- 代码第一个问题
当我们运行程序的时候，程序无法运行, 提示说是因为没有定义一个IOFactory
那么现在问题来了，IOFactory是和要写入的图像类型绑定的，
我们要把这个当做什么类型的文件写入呢？
这个时候的writer是三维图像，所以我们是不能够写成 bmp, jpg, 等等图像的，我就是在这里尝试很很多遍。
后来我们经过观察发现，在程序里面有一个写入到文件的一个代码。
#ifdef WRITE_CUBE_IMAGE_TO_FILE
const char *filename = "body.gipl";
using WriterType = itk::ImageFileWriter< InputImageType >;
WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
itk::GiplImageIOFactory::RegisterOneFactory();
writer->SetFileName( filename );
writer->SetInput( image );
try
{
std::cout << "Writing image: " << filename << std::endl;
writer->Update();
}
catch( itk::ExceptionObject & err )
{
std::cerr << "ERROR: ExceptionObject caught !" << std::endl;
std::cerr << err << std::endl;
return EXIT_FAILURE;
}
#endif
最开始我根本没有观察过这个，但是后来发现是存在GiplIOFactory的，于是尝试了一下，发现就可以了。
2.1 解决方法：
也就是说，我们需要做两件事情：
<1>声明一个GiplIOFactory
#include "itkGiplImageIOFactory.h"itk::GiplImageIOFactory::RegisterOneFactory();
<2>传入文件的写入参数，比如我传入的是 "1.gipl" （注意这里的后缀需要时 .gipl， 需要注意如何在VS里面如何传入参数。）
这个时候程序已经可以成功运行了，并且DRR图像被写入到了工程所在的文件夹。
2.2-图像观察
这个时候我们已经可以观察一下这个文件到底生成了一个什么东西：
我们通过3D slicer打开这个gipl文件，可以观察到这个三维图像和生成的DRR图像：
<1> 三维图像
<2>DRR图像
可以看到，例子自己建立的图像其实是一个中空的正方体。
3-第二个问题
但是我希望实现的是读取的DRR图像，所以需要读取自己的CT图像。
目前我拥有的是一系列的CT图像，他们只是2D图像，而历程里面的reader则是读取的三维图像。
所以需要添加代码，读取自己的CT图像，然后转换为3D图像。
添加代码如下：
//定义像素类型，图像类型，三维有符号数，定义指针
typedef signed short PixelType;
const unsigned int Dimension = 3;
typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType;
typedef itk::ImageSeriesReader< ImageType > ReaderType;
//声明读、写 DICOM 图 像 的 itk::GDCMImageIO对象
//itk::GDCMSeriesFileNames对象将生成并将构成所有体数据的切片的文件名进行排序
typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType;
typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
NamesGeneratorType::Pointer namesGenerator = NamesGeneratorType::New();
//设置读取路径
//用文件名发生器生成被读的文件名和被写的文件名
namesGenerator->SetInputDirectory("D:\\Files\\Data\\3219032438350584179-8\\DICOM\\S258070\\S20");
const ReaderType::FileNamesContainer& filenames = namesGenerator->GetInputFileNames();
//设置DICOM图像IO对象和被读的文件名的列表
ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
reader->SetImageIO(gdcmIO);
reader->SetFileNames(filenames);
这个就是第三个博客里面的读取程序，唉，伤心，浪费这么久。
三、参考链接
1-博客：https://blog.csdn.net/inter_peng/article/details/52155073
2-第一个图来源：基于灰度的二维三维图像配准方法及其在骨科导航手术中的应用
原文地址：https://www.cnblogs.com/fantianliang/p/12014097.html