背景：
有时候，我们会用IDEA来开发一些小工具，需要打成可运行的JAR包；或者某些项目不是WEB应用，纯粹是后台应用，发布时，也需要打成可运行的JAR包。并且，如果依赖第三方jar时，又不希望第三方jar也打入最终的可运行jar包，并且还希望，组织下目录结构（如把第三方jar文件，放到最终可运行jar包的并行目录lib下）
开发环境
OS： Windows 8.1
JDK： 1.7.0
开发工具： IntelliJ IDEA 13.1.1
步骤：
1. 选中Java项目工程名称，在菜单中选择 F12
2. 在弹出的窗口中左侧选中"Artifacts"，点击"+"选择jar，然后选择"from modules with dependencies"。
3. 在配置窗口中配置"Main Class"。
4. 选择“Main Class”后，选择“copy to the output and link via manifest”，配置“Directory for META-INF/MAINFEST.MF”，此项配置的缺省值是：D:\workshop\DbUtil\src\main\java，需要改成：D:\workshop\DbUtil\src\main\resources（需要新建文件夹），如果不这样修改，打成的jar包里没有包含META-INF/MAINFEST.MF文件，这个应该是个IDEA的BUG（参考：http://stackoverflow.com/questions/15724091/how-to-run-a-jar-file-created-using-intellij-12），配置完成后如下图所示，点击OK进入下一步。（如果选择“extract to the target jar”，即把第三方jar文件，打入最终的可运行jar包时，可以不修改“Directory for META-INF/MAINFEST.MF”的配置，用缺省值即可）
5. 右键“<output root>”，选择“Create Directory”，输入目录名：libs
6. 用鼠标按住第三方jar，拖入<output root>下的libs目录下
7. 用鼠标选中我们将要打出的jar包文件，点击下方“Class Path:”后面的按钮，在“Edit Classpath”窗口中，将每个第三方jar文件前加上相对路径：libs/，形成如：libs/xxx.jar的形式（注意是 / ，而不是 \），这个目录“libs”，就是前面输入的那个“libs”,这里如果第三方jar很多的话，可以在“Edit Classpath”窗口中，用鼠标选中所有第三方jar，然后Ctrl+X，把内容cut & copy到UltraEdit里，用列格式一下子全部修改好,再paste到“Edit Classpath”窗口中。完成后如下所示：
8. 完成后，点击OK，Apply等按钮，回到IDEA的主菜单，选择“Build - Build Artifacts”下的“Build”或者“Rebuild”即可生成最终的可运行的jar，并把第三方jar放到和此jar并行的lib目录下，用winrar打开目标jar，可以看到META-INF/MAINFEST.MF文件被正确包含，内容也正确。
9. 在jar包的输出目录下，执行命令：java -jar xxx.jar，即可运行jar文件。
原文地址：https://www.cnblogs.com/wsy0202/p/12013116.html