生物信息学练习1-综合使用软件-2

p { margin-bottom: 0.25cm; direction: ltr; color: #000000; line-height: 120%; orphans: 2; widows: 2 }
p.western { font-family: "Liberation Serif", "Times New Roman", serif; font-size: 12pt }
p.cjk { font-family: "Noto Sans CJK SC Regular"; font-size: 12pt }
p.ctl { font-family: "Noto Sans CJK SC Regular"; font-size: 12pt }
a:link { }

使用humann2:

===================参考晨宇大大的学习文档==========================

HUMAnN2是描述微生物代谢通路的。使用宏基因组或宏转录组的序列信息。

http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2

安装的顺序是：Bowtie2 ===> Metaphlan2 ===> HUMAnN2

（个人建议安装anaconda，里面集成了多个python包，安装其他软件的时候就不用担心缺少什么numpy、scipy这些额外的python包了。）

安装没什么可讲的，下载安装包（源码），解压，设置环境变量就可以了。要注意的是HUMAnN2依赖于两个数据库（ChocoPhlAn和UniRef），他的安装包里面只有这两个数据库的DEMO版本。所以我们首先要下载完整的版本。使用迅雷，简单粗暴（微笑脸）

ChocoPhlAn：http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2_data/chocophlan/full_chocophlan_plus_viral.v0.1.1.tar.gz

UniRef：http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2_data/uniprot/uniref_ec_filtered/uniref90_ec_filtered_1_1.tar.gz

配置：

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p.western { font-family: "Liberation Serif", "Times New Roman", serif; font-size: 12pt }
p.cjk { font-family: "Noto Sans CJK SC Regular"; font-size: 12pt }
p.ctl { font-family: "Noto Sans CJK SC Regular"; font-size: 12pt }
a:link { }

我用迅雷下载的文件有问题，解压之后是空的==所以使用命令下载：

humann2_databases --download chocophlan full /home/pxy7896/Downloads/humann2/humann2/data/chocophlan_FULL4

该命令会自动配置数据库的路径，所以放着就可以了。

IDs="G45084 G45072 G45071 G45109 G45125 G45124 G45049 G45054 G45121 G45099"

for s in ${IDs}

do

humann2 --input ${s}_pe_1.fastq.gz --output /home/pxy7896/Desktop/20161205/result2

humann2 --input ${s}_pe_2.fastq.gz --output /home/pxy7896/Desktop/20161205/result2

done

运行了一晚，产生了很多很多文件。。。

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