如题，作为一名学术研究者，关于simulation和emulation是有必要分清楚的。
先给出一些网上的参考定义：
解释一： 模拟（Simulation）即选取一个物理的或抽象的系统的某些行为特征，用另一系统来表示它们的过程。模拟技术的高级阶段称为仿真模拟（Emulation）、系统仿真，即用一数据处理系统来全部或部分地模拟某一数据处理系统，以致于模仿的系统能想被模仿的系统一样接受同样的数据、执行同样的程序、获得同样的结果。
解释二： 模拟(Emulation)是试图模仿一个设备的内部设计；仿真(Simulation)是试图模仿一个设备的功能。
解释三： Emulation：When one system performs in exactly the same way as another, though perhaps not at the same speed. A typical example would be emulation of one computer by ( a program running on) another. You migh use emulation as a replacement for a system whereas you would use a simulation if you just wanted to analyse it and make predictions about it. Simulation： Attempting to predict aspects of the behaviour of some system by creating an approximate (mathematical) model of it. This can be done by physical modelling, by writing a special-purpose computer program or using a more general simulation package, probably still aimed at a particular kind of simulation (e.g. structural engineering, fluid flow). Typical examples are aricraft flight simulators or electronic circuit simulators. A great many simulation languages exist, e.g. {Simula}
总结下来就是
simulation是模拟，emulation是仿真。顾名思义，模拟看中是的是输入与输出是否满足要求，并不在乎中间的实现过程。而仿真则更像白盒，它要求必须设计出和系统一致的逻辑过程。
参照这个定义，说的更加直白些，那就是simulation模拟系统的行为功能，emulation模拟系统的运作过程，行为功能的实现可以自定义，但是系统的运作必须符合已知的逻辑。
如果需要给定相互关系的话，那么emulation就包含simulation。讲simulation想像成一个一个的功能块，然后将这些功能块使用逻辑链接起来，形成一套完整的方案，就是emulation。
以前的时候经常使用simulation，还不知道有emulation的存在，实在是孤陋寡闻了。不过貌似以前写的文章也都是涉及一些算法，将其封装成功能块执行的，也不涉及一整套大系统的开发。
现在要做的大型仿真，如果自己编写或者使用一些现有的仿真工具如NS3之类的，整体上应该就算是Emulation了。但是针对自己涉及的那一块，可能也就以一个模块的形式添加到现有的软件系统中，那么这部分应该就算是Simulation了。
以上仅为个人理解。