生物信息基本工具和数据库

生物信息的工具和数据库太多,但有一些基础的工具是必须精通的,甚至需要经常翻阅寻找灵感。

通用数据库:

UCSC Genome Browser - 基因组的可视化

OMIM- Online Mendelian Inheritance in Man - 研究疾病必备

专业数据库汇总:

单细胞数据库汇总

遗传数据库

表观数据库

蛋白数据库: UniProt, PDB, Pfam, CATH, SCOP2

代谢物数据库

待整理:

GeneMANIA - gene network, 分析碰到瓶颈了就去里面找找证据。

webgestalt - 无需编程,网络版的GO、KEGG和GSEA分析工具

TCGA

GTEx

GEO

ENCODE

SRA

gnomAD

ARCHS4

clinvar

NONCODE

GO

KEGG

dbSNP

STRING

NCBI

GWASdb

omictools - 汇总数据库 收费了

我的final model需要整合这些数据库!!!

长期收集。。。

原文地址:https://www.cnblogs.com/leezx/p/10842139.html

时间: 2024-10-10 22:21:32

生物信息基本工具和数据库的相关文章

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写在前面:本篇博客讲述的是如何使用pentaho工具快速的将数据库数据导出为Excel文件,以及如何将Excel文件数据导入数据库. 补充:使用此工具并不需要任何一句代码并能快速便捷解决实际问题,此工具功能不仅仅局限这一点,其他功能后续更新. 工具下载:你可以根据你电脑的系统选择不同版本在pentaho官网进行下载: http://www.pentaho.com/download 需求一:将mysql一张表数据导出到Excel 第一步:添加数据库驱动包 注意:由于本例我要将mysql数据库数据导

使用exp&imp工具进行数据库备份及恢复

使用exp&imp工具进行数据库备份及恢复1.exp/imp使用方法介绍exp/imp为一种数据库备份恢复工具,也可以作为不同数据库之间传递数据的工具,两个数据库所在的操作系统可以不同.exp可以将数据库数据导出为二进制文件,imp可以将导出的数据文件再导入到相同的数据库或不同的数据库.数据库导出有四种模式:full(全库导出).owner(用户导出).table(表导出).tablespace(表空间导出).full(全库导出):导出除ORDSYS.MDSYS.CTXSYS.ORDPLUGIN

Android开发之使用sqlite3工具操作数据库的两种方式

使用 sqlite3 工具操作数据库的两种方式 请尊重他人的劳动成果,转载请注明出处:Android开发之使用sqlite3工具操作数据库的两种方式 http://blog.csdn.net/fengyuzhengfan/article/details/40193123 在Android SDK的tools目录下提供了一"sqlite3.exe工具,它是一个简单的SQLite数据库管理工具,类似于MySQL提供的命令行窗口在有些时候,开发者利用该工具来査询. 管理数据库. 下面介绍两种方式: 第

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SQL server(MSSQL)客户端工具登录数据库的两种命令行登录方式

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使用RMAN工具复制数据库

一.概述 复制数据库即使用RMAN工具的DUPLICATE命令从源数据库拷贝所有或者一部分的数据到目标数据库.复制数据库技术在多种场景都是特别有用的,如创建standby数据库,创建用于不同目的地测试环境,数据库迁移等. 使用DUPLICATE命令复制数据库能自动配置与源数据库不同的DBID,确保目标数据库和源数据库能一起存放在相同的恢复目录数据库中. RMAN支持两种复制类型:活动数据库复制和基本备份的复制.RMAN能在源数据库和恢复目录数据库存在或者不存在的情况下执行基于备份的复制. 活动数

最终版-perl工具解析数据库的报告文件0120

********************需要根据自己的实际环境修改哦**************************** ******************** 1. 收集awr报告样本   awrreport.sql --该脚本请用具有 dba 权限的用户执行,普通用户没有权限访问数据库的基表 conn &usr/ &pass @ &oracle_sid set linesize 1200 ;set pagesize 0;set long 99999;set heading

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进入公司会使用到这UML工具哦. 1创建设计模型physical data: 注意选择数据库的类型:然后点击OK 2新增表格table: 3设置字段:勾选主键 勾选P(primary key主键),M表示非空,设置后直接点击确定 4建立外键:手动修改外键 点击reference按钮,点选从表,指向主表: 但是有个bug,在主键上加了一个fk,我想要的是在dept_id上添加外键.每次都要手动改一下,双击带箭头的线: 5保存模型文件pdm 项目经理说:你从svn上面checkout一下pdm文件,